¿Qué tan fiable es confiar los cálculos laborales a un software de nómina? - Contabilidad

Cada mes veo más empresas migrando del Excel a un software de nómina, pero me surge la duda de hasta qué punto es seguro depender por completo del sistema para liquidar prestaciones, horas extras, aportes y retenciones. 

¿Ustedes revisan los cálculos manualmente o confían en lo que arroja el programa? ¿Han tenido errores significativos usando estos sistemas? 

Me gustaría conocer sus experiencias antes de decidir si vale la pena automatizar todo el proceso.